O arquivo e as legendas devem estar na mesma pasta, com o nome idêntico, variando apenas o sufixo (avi e srt).
Não sei qual o player que usas, mas quase todos eles oferecem a opção de acionar as legendas e pronto: deixas o filme rodar e as legendas aparecem.
No caso das legendas em inglês, basta teres um programa como o MKPlayer, VLC ou BSPlayer e abrires o ficheiro com extensão mkv. Se as legendas não aparecerem automaticamente, basta procurares no menu do programa como escolher as legendas disponíveis. Isto porque vêm incluídas já no ficheiro mkv.
No caso das legendas em português, como são um ficheiro à parte, tens de ter os ficheiros de vídeo e de legendas com o mesmo nome e respectivas extensões (não é obrigatório, mas mais fácil), por exemplo:
Bbc Natural World 2010 The Himalayas Hdtv x264 Ac3 Mvgroup.mkv
Bbc Natural World 2010 The Himalayas Hdtv x264 Ac3 Mvgroup.srt
Depois, basta abrires o ficheiro de vídeo com o programa que escolheres. Todos eles são fáceis de usar no caso de as legendas não aparecerem imediatamente.
Qualquer dúvida, é só dizeres.
